Le microbiote est connu depuis le début du siècle dernier. Henry Tissier, dès 1899, avait identifié dans les selles d’enfants nourris au sein maternel des bifidobactéries. Mais il n’a pas pu être étudié convenablement pendant longtemps en raison des difficultés à l’analyser. En effet, la plupart des germes du tube digestif sont anaérobies et il a fallu attendre des techniques de séquençage du type ARNr 16S bactérien puis, plus récemment, par la technique du shot gun [1].
Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes qui sont en interaction avec l’organisme humain. Il comprend principalement des bactéries, mais aussi des levures, des virus et des phages. En réalité, il existe plusieurs microbiotes dans l’organisme humain, le plus abondant étant le microbiote intestinal, mais il y a aussi le microbiote vaginal, cutané, buccal, tous en partie liés. Il se constitue tôt dans la vie. On admet que le fœtus est stérile jusqu’à la naissance. Le nouveau-né se contamine au cours de l’accouchement par voie basse lors de son passage par la filière vaginale en proximité avec le microbiote intestinal de la mère. Les études montrent clairement que l’accouchement par césarienne induit un microbiote très différent ressemblant à celui de la salle chirurgicale [2]. Ces différences persistent longtemps au moins jusqu’à l’âge de 5 ans. Une antibiothérapie pendant la grossesse et pendant l’accouchement accentue ces différences. L’allaitement maternel peut les atténuer sans les effacer [3]. Le lait maternel contient en effet un microbiote et également des probiotiques appelés GOS, pour galacto-oligosaccharides. En cas d’accouchement par césarienne programmée, malheureusement l’allaitement maternel est moins fréquent. En cas d’accouchement prématuré, le contenu du lait maternel en pré et probiotiques est moins bon. Tout au long de l’existence, de très nombreux facteurs continuent à avoir un impact sur…
