Depuis le début de la pandémie, des commentaires multiples, souvent négatifs, ont été émis sur les outils de diagnostic biologique de l’infection à SARS-CoV-2. N’a-t- on pas entendu, au début de la pandémie, que la sensibilité de la PCR n’était que de 70 %, que la sérologie ne servait à rien, que les tests antigéniques étaient très peu sensibles ? Décrire les performances de sensibilité et de spécificité de ces tests par rapport aux autres techniques durant toute la période où le diagnostic peut être posé n’a pas d’intérêt. En réalité, les tests disponibles, lorsque les prélèvements sont faits à bon escient et au bon moment de la maladie puis techniqués correctement, sont d’excellents outils diagnostiques, tout à fait comparables à ceux dont on dispose pour la majorité des maladies infectieuses communautaires. Cependant, il est fondamental de positionner chaque test en fonction du stade de la maladie (fig. 1).
La RT-PCR
C’est l’examen de référence. Il consiste à amplifier, à partir d’une amorce spécifique, l’ARN du virus ou un ou plusieurs gènes codant pour des protéines (S, N ou E). Dans le thermocycleur, la polymérase multiplie des milliers de fois l’ARN viral présent dans le prélèvement grâce à des cycles d’amplification. Cette multiplication permet de détecter de faibles quantités de particules virales.
Une RT-PCR négative après 40 cycles signifie que les gènes du SARS-CoV-2 n’ont pu être amplifiés, attestant l’absence du virus sur ce prélèvement. Deux explications : soit le malade n’était pas infecté au moment du prélèvement, soit le prélèvement était de qualité insuffisante (prélèvement insuffisant dépourvu de cellules respiratoires).
Pour limiter le risque d’erreur technique, la PCR comporte toujours l’amplification d’un gène « contrôle » (gène présent dans les cellules respiratoires) (fig. 2). De plus…
