En santé publique, la mesure classique pour ralentir et enrayer le développement d’une épidémie consiste à détecter, tester, isoler et soigner chaque cas tout en retraçant tous les cas contacts. C’est précisément ce qu’a martelé l’OMS depuis le début de la pandémie Covid-19. Quels sont alors les tests de diagnostic disponibles pour l’infection au SARS-CoV-2 et leur efficacité ? L’équipe italienne auteure de cette étude, précisée par un second court article rédigé sous la forme d’une lettre à l’éditeur, y répond en défendant l’intérêt d’un test diagnostic réalisé à partir d’un prélèvement salivaire.
Leur premier article, paru le 15 avril, au plus haut de la crise sanitaire en Italie, pose les jalons de l’utilisation d’un prélèvement salivaire pour ce test. Les auteurs y rapportent d’abord les difficultés du test rt-PCR de référence dont le but est la mise en évidence d’ARN viral dans un prélèvement naso-pharyngé difficile, et qui doit être réalisé par un personnel spécialisé. Cela génère une attente du patient avant de pouvoir en bénéficier et/ou un risque d’attroupement devant les centres qui les pratiquent. À l’inverse, le prélèvement de salive serait beaucoup plus aisé et réalisable par un plus grand nombre. Partant de l’hypothèse que le virus serait aussi présent dans les sécrétions salivaires, ils ont réalisé des prélèvements de salive sur 25 patients hospitalisés sévèrement atteints et diagnostiqués Covid+ par rt-PCR sur prélèvements naso-pharyngés. Un test rt-PCR réalisé sur le prélèvement de salive s’est aussi révélé positif pour tous les patients. Mais les auteurs ont également montré que la charge virale mesurée dans la salive était corrélée à la concentration sanguine de lactate déshydrogénase, biomarqueur de dommages tissulaires dans l’organisme. Ils concluent que la salive peut non seulement être utilisée pour le diagnostic de la Covid-19 du point de vue qualitatif, mais qu’elle pourrait aussi représenter un outil biologique témoignant de l’évolution des dommages causés par la maladie.
Le second article, paru le 18 juin sous la forme d’une lettre au rédacteur, est une pré-édition qui montre l’intérêt scientifique que lui attribue le comité éditorial de la revue. Les auteurs y expriment le besoin d’un test diagnostique simple, rapide, fiable et accessible au plus grand nombre pour permettre un dépistage de masse du SARS-CoV-2. Ils rapportent une étude sur 122 patients évaluant la sensibilité et la spécificité d’un test salivaire rapide (RST) basé sur la recherche d’antigène viral comparé aux résultats obtenus par rt-PCR. Ils relatent que leur RST présente une forte sensibilité (capacité à diagnostiquer les cas positifs), mais une spécificité plutôt faible (capacité à écarter les faux positifs). Ils concluent que leur test salivaire rapide est une étape particulièrement innovante dans le diagnostic de la Covid et suggèrent son utilisation massive dans le cadre d’une politique de santé publique de lutte contre la propagation de la maladie.
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Après presque deux mois de confinement strict en France, qui a mis le pays et une grande partie de son économie en pause, les questions sur la gestion de la crise sanitaire sont de plus en plus nombreuses. Une commission d’enquête parlementaire sur l’impact, la gestion et les conséquences dans toutes ses dimensions de l’épidémie Covid 19 s’attache depuis le 16 juin à y répondre en partie. Avec la gestion des masques et l’hydroxychloroquine, la problématique du dépistage s’est révélée un autre enjeu majeur.
Dès le 6 mars, Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l´Organisation Mondiale de la Santé (OMS), a déclaré « demander aux pays de trouver, tester, isoler et soigner chaque cas, et de retracer chaque contact ». Le 13 mars, lors d´une autre conférence de presse, il a insisté en rappelant que « l’OMS donne des conseils clairs aux gouvernements (…). Trouvez, isolez, testez et traitez chaque cas, afin d’interrompre les chaînes de transmission ». Le 20 mars, dans une interview au journal Le Monde, Jean-François Delfraissy, président du conseil scientifique sur la Covid-19, concédait que « nous ne possédions pas les capacités de tester à la même échelle que la Corée du Sud ». Le 30 juin, devant la commission d’enquête parlementaire, Agnès Buzyn affirmait que l’« anticipation » en France face à l’épidémie de coronavirus avait été « sans commune mesure avec les autres pays européens », et que Paris avait été « toujours en avance » par rapport aux alertes des organisations internationales. Plus tôt, le 16 juin, le directeur général de la santé, Jérôme Salomon, y avait pourtant défendu l’arrêt du dépistage systématique le 14 mars au profit d’une « surveillance syndromique » et d’un diagnostic basé sur les symptômes, expliquant que cela ne changeait rien à la prise en charge des patients. Le 18 juin, Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, y expliquait que même si la France avait pu réaliser davantage de tests de dépistage du coronavirus début mars, cela n’aurait pas évité la nécessité d’un confinement généralisé et que les pays ayant « réussi à maîtriser » l’épidémie « sans confinement » l’ont fait « grâce à toute une série de mesures » et « pas seulement les tests ». Le 24 juin, le professeur Didier Raoult y exprimait son désaccord avec la décision de ne pas généraliser les tests comme il l’a fait à l’IHU de la Méditerranée. À l’époque, Olivier Véran défendait un « usage rationnel, raisonnable et raisonné des tests ». Mais, selon Didier Raoult, cette décision du ministre de la Santé ne s’explique pas par un manque de matériel mais plutôt par une organisation « totalement archaïque ».
À l’inverse, l’Allemagne et la Corée du Sud ont très rapidement suivi la recommandation de l´OMS en multipliant les tests, en isolant les malades et en traçant les contacts de ces derniers. Fin mars, l’Allemagne pratique près de 300 000 à 500 000 tests par semaine contre 35 000 à 85 000 en France. Sur l’héxagone, les tests ne pouvaient être effectués que dans des hôpitaux correctement équipés de laboratoire de haute sécurité (P3) et non en laboratoires.
En Allemagne, les choses ont été différentes. Dès le 17 janvier, le laboratoire allemand qui a mis au point un test de dépistage a communiqué son protocole, via l´OMS, à toutes les institutions et entreprises intéressées. En Allemagne, le test est entré aussitôt en production, avec les moyens nécessaires à son utilisation (réactifs, ustensiles). Début avril, l’Institut Robert-Koch, l’agence du gouvernement fédéral pour la lutte contre les épidémies, indiquait que plus de 900 000 tests avaient été pratiqués et qu’ils l’étaient désormais au rythme de 50 000 par jour, grâce au travail de laboratoires publics et privés.
Cela a sans doute permis d’identifier les porteurs du virus et d’éviter, par des mesures incitatives, qu’ils ne s’approchent de sujets à risque, en particulier les personnes âgées. Les données montrent que celles-ci ont été moins touchées dans ce pays, ce qui explique une mortalité très inférieure à celle qui est enregistré en France.
Dans son livre « réquisitoire » contre la gestion de la crise (i.e. Y a-t-il une erreur qu’ils n’ont pas commise ? éd. Albin Michel), le professeur Christian Perronne, chef du service des maladies infectieuses à l´hôpital Raymond-Poincaré de Garches, s’indigne de l’absence de tests à grande échelle en France en estimant qu’elle aurait eu les moyens d’organiser un tel dépistage si tous les laboratoires en capacité de réaliser des tests avaient été réquisitionnés au lieu de les restreindre à quelques laboratoires labélisés. De plus, il considère que les quelque 42 000 chirurgiens-dentistes de France auraient été capables de faire des prélèvements permettant un dépistage à grande échelle. Nul doute que cela serait encore plus aisé à partir de prélèvements de salive. Au lieu de cela, la France n’a choisi que le confinement et, faute d’équipements de protection disponibles, les cabinets dentaires ont été contraints de fermer durant toute cette période.
S’il est certes plus facile a posteriori de constater tout ce qui aurait pu être mieux fait et géré, force est de constater que le manque de préparation, mais surtout la lourdeur du fonctionnement des administrations décisionnaires, sans doute par crainte de mal décider, par manque de considération ou simplement par manque de connaissance de ce que pouvaient faire les différents corps des acteurs de la santé en France, ont considérablement freiné la réactivité dans la mise en œuvre de mesures qui auraient peut-être permis de mieux contrôler l’épidémie. La (non) mise en œuvre des tests de dépistage massif en est l´exemple.
Pour ne prendre aucun risque, et surtout aucune décision, la France a donc choisi pour seule mesure un confinement strict avec l’arrêt quasi complet des médecines de ville. Pour Jean-François Delfraissy : « Le confinement n’était pas la bonne décision, c’était la moins mauvaise. » N´y avait-il vraiment rien à faire en plus ?
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